Анализ чистоты пептидов обычно проводится с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ). Основная цель масс-спектрометрического анализа — подтвердить молекулярную массу; в настоящее время основными методами, используемыми для анализа пептидов, являются масс-спектрометрия с ионизацией электрораспылением (ESI-MS) и масс-спектрометрия с матричной-лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-MS).
Анализ аминокислотного состава выявляет типы и количества аминокислот, присутствующих в пептиде, в то время как фундаментальным принципом, лежащим в основе анализа аминокислотной последовательности, является деградация по Эдману.
Методы идентификации вторичных структур пептидов включают, среди прочего, круговой дихроизм (КД), ядерный магнитный резонанс (ЯМР), дифракцию рентгеновских лучей.
В ходе твердофазного синтеза -могут образовываться различные примеси,-такие как делеционные последовательности, вставочные последовательности, неправильно-связанные пептиды, эпимеризованные пептиды и окисленные пептиды-. Идентификация таких примесей, связанных с пептидами-обычно осуществляется с помощью жидкостной хроматографии-тандемной масс-спектрометрии (ЖХ/МС/МС); ЖХ-МС позволяет точно определить массу пептида, а МС/МС используется для выяснения его последовательности. Кроме того, для достижения эффективного разделения и обнаружения можно использовать хроматографические методы ВЭЖХ.
При твердофазном синтезе пептидов эффективность связывания в первую очередь оценивается путем обнаружения свободных аминогрупп на смоле; этот метод обнаружения известен как тест Кайзера (или тест с нингидрином). Если присутствуют свободные аминогруппы, появляется синий или красновато--коричневый цвет.